Modele anatomiczne czaszki odgrywają znaczącą rolę w edukacji medycznej, badaniach naukowych i w praktyce medycznej. Ich znaczenie pochodzi z konieczności precyzyjnego poznania budowy czaszki, jaka jest jednym z znacznie skomplikowanych elementów ludzkiego szkieletu. Modele anatomiczne pozwalają one na dokładne przestudiowanie układu kostnego, wzajemnych zależności pomiędzy poszczególnymi składnikami czaszki i na ciekawsze poznanie mechanizmów urazów, deformacji i patologii. Modele anatomiczne czaszki są także szeroko używane w stomatologii. Budowa czaszki ma kluczowe znaczenie w ocenie i pomaganiu zaburzeń jamy ustnej, wad zgryzu czy problemów ortodontycznych. W ortodoncji modele anatomiczne czaszki pomagają w ocenie struktury żuchwy i szczęki, co zapewnia precyzyjne zaplanowanie leczenia aparatami ortodontycznymi. Nie bez znaczenia są także modele anatomiczne czaszki w medycynie sądowej i antropologii. Modele anatomiczne czaszki, które różnią się stopniem dokładności także surowcem wykonania. Jednym z znacznie charakterystycznych typów są standardowe modele anatomiczne czaszki ludzkiej, przedstawiające główne kości także ich związania. Modele anatomiczne tego typu są powszechnie używane w edukacji także służą do nauki podstawowej anatomii czaszki. Inną grupę stanowią modele anatomiczne czaszki z ruchomymi elementami, które gwarantują na lepsze poznanie połączeń pomiędzy kośćmi i procesów ich ruchu, co jest wyjątkowo przydatne w ortodoncji i chirurgii szczękowej. W niezwykle zaawansowane modele anatomiczne czaszki mogą być rozkładane na pojedyncze kości, co powoduje na precyzyjne zbadanie niektórych elementów. Dzięki temu wolno zauważyć, w jaki sposób poszczególne kości są ze sobą połączone, jakie mają kształty oraz jakie grupy anatomiczne się na nich znajdują. Tego typu modele anatomiczne są szczególnie przydatne w szkole anatomii i chirurgii, ponieważ pozwalają dokładną analizę struktur niemożliwych do zarejestrowania w rzeczywistej czaszce. Innym typem są modele anatomiczne czaszki z zaznaczonymi strukturami anatomicznymi, które pomagają w edukacji szczegółowej anatomii. W takich modelach drugie elementy czaszki są zaznaczone barwami, co ułatwia ich identyfikację. Na przykład kości tworzące podstawę czaszki mogą być oznaczone różnym kolorem niż kości sklepienia, a kanały nerwowe i otwory mogą być wyróżnione w sposób sprzyjający ich zapamiętanie. Jest to szczególnie przydatne dla studentów medycyny, jacy muszą opanować skomplikowaną terminologię anatomiczną.

Dla bardziej zaawansowanych użytkowników dostępne są modele anatomiczne czaszki z odzwierciedlonymi strukturami nerwowymi i naczyniowymi. Tego typu modele anatomiczne mają przebieg nerwów czaszkowych i naczyń krwionośnych, co jest ogromnie ważne w nauce neuroanatomii i neurochirurgii. Dzięki nim wolno prześledzić ścieżki przebiegu nerwów, ich umieszczenie względem struktur kostnych i miejsca, w których mogą być one uciskane lub uszkadzane. Współczesna technika pozwala jednocześnie na kształtowanie modeli czaszki w technice druku 3D. Modele anatomiczne te mogą być wykonywane na podstawie prawdziwych danych tomograficznych, co powoduje na odwzorowanie indywidualnych cech anatomicznych pacjenta. Takie modele anatomiczne są szczególnie przydatne w planowaniu operacji chirurgicznych, ponieważ pozwalają lekarzom wcześniejsze przećwiczenie procedur na określonym odwzorowaniu czaszki pacjenta. Metoda ta jest także używana w rekonstrukcji buzi w przypadkach urazów i deformacji wrodzonych.